Все островные дуги приурочены к нестабильной Тихоокеанской геосинклинальной области, где и в настоящее время происходят процессы горообразования. Частые землетрясения указывают на движения земной коры. Сейсмографы обычно регистрируют до 1500 землетрясений в год, но на поверхности ощущается примерно четверть из них. Наиболее мощные землетрясения повторяются с периодичностью от 10 до 30 лет. Кроме того, для Японских о-вов характерны цунами – огромные волны разрушительной силы высотой до 10 м, образующиеся в результате подводных землетрясений и обрушивающиеся на восточное побережье страны. На протяжении миллионов лет неоднократно происходили колебания земной коры. В результате одни ее блоки поднимались, а другие – опускались. Эти тектонические движения отчасти предопределили разнообразие рельефа Японии, и там, где происходили вертикальные подвижки, на поверхности часто прослеживаются разломы в виде резких перегибов на границах низменностей и возвышенностей.
С движениями земной коры связана интенсивная вулканическая деятельность на Японских о-вах. Всего в Японии насчитывается примерно 200 вулканов, из них ок. 40 – действующие. Некоторые высокие горы Японии представляют собой вулканы, высочайшая из них – вулкан Фудзияма (3776 м). Вблизи как действующих, так и потухших вулканов встречаются горячие источники.