Животный мир Японии вследствие ее островного положения обеднен по сравнению с материковой Азией и отличается довольно высоким эндемизмом (40%). Многие наземные млекопитающие представлены более мелкими формами, чем на материке. Их обычно считают японскими подвидами. Поскольку природные условия страны довольно разнообразны, в фауне Японии присутствуют виды, присущие тропическим, субтропическим, бореальным и горным лесам.
Для Японии характерны существенные различия животного мира разных островов, массовое распространение вплоть до 40° с.ш. обезьян (японского макака, численность которого оценивается в 40–60 тыс. особей), значительное видовое разнообразие птиц (особенно водоплавающих). Кроме того, в Японии останавливается на пролете большое число перелетных пернатых. Пресмыкающиеся немногочисленны; ядовитых змей всего два вида, особенно опасен тригоноцефал.
Дикая фауна сохранилась в основном в пределах многочисленных охраняемых территорий – в национальных парках, резерватах, заповедниках, морских парках.